Importar datos de FRAP

Una vez inicializados los grupos de datos, es hora de añadir la información. Una forma de hacerlo es mediante la función addDir del objeto newDataFrap. Esta función requiere que el usuario organice las tablas de FRAP en tres ficheros en su equipo: el primero con los datos de recuperación, el segundo con las tablas de control y el tercero con la información del fondo.

La función addDir de la paquetería fraping acepta los siguientes parámetros para agregar la información de los ficheros de datos de FRAP:

• seconds: Duración del experimento en segundos.
• photo: Índice del fotograma en el que se aplica el fotoblanqueo.
• areaColumn: Nombre de la columna que contiene los datos de área.
• inputColumn: Nombre de la columna que contiene los datos de intensidad.
• dirR: Ruta del fichero de datos de recuperación.
• dirC: Ruta del fichero de datos de control.
• dirB: Ruta del fichero de datos de fondo (opcional).

Es importante tener en cuenta que los datos del fondo son opcionales. Si decides omitir la información del fichero de datos de fondo, debes considerar que esto tendrá un impacto directo en la estandarización de los datos durante el análisis.

A continuación se muestra un ejemplo de cómo utilizar la función addDir:

A$addDir(480, 4, "Area", "IntDen",
         "data/GFP/GFP Secondary Neurite",
         "data/GFP/GFP Secondary Neurite Control",
         "data/GFP/GFP Secondary Neurite Back")

B$addDir(480, 4, "Area", "IntDen",
         "data/LIFEACT GFP/LIFEACT GFP Secondary Neurite",
         "data/LIFEACT GFP/LIFEACT GFP Secondary Neurite Control",
         "data/LIFEACT GFP/LIFEACT GFP Secondary Neurite Back")

C$addDir(480, 4, "Area", "IntDen",
         "data/LIFEACT GFP/LIFEACT GFP Dendrite",
         "data/LIFEACT GFP/LIFEACT GFP Dendrite Control",
         "data/LIFEACT GFP/LIFEACT GFP Dendrite Back")

Al momento de crear un nuevo grupo de datos utilizando la función newDataFrap, se asigna automáticamente un color aleatorio al grupo. Este color se utiliza para diferenciarlo de los demás en las gráficas. Si deseas reasignar un color específico al grupo, puedes utilizar la función setColor del objeto newDataFrap. Esta función acepta como parámetro el valor del color en formato hex, o puedes elegir un color predefinido del vector grDevices::colors() o utilizar la función color de la paquetería itz.

A$setColor("#05753D")
B$setColor("#0000A6")
C$setColor("#E014F7")

Antes de realizar un ajuste paramétrico, es posible que prefieras visualizar los datos mediante gráficos para hacer una inspección visual. Para lograr esto, puedes utilizar la función plotRecover, que acepta como parámetros las bases creadas con newDataFrap. Puedes personalizar los gráficos utilizando diversos parámetros. Para obtener más detalles sobre esta función, consulta plotRecover.

plotRecover(A, B, C, plot.lines=T)

plotRecover(A, B, C, plot.shadow=T, plot.mean=T)

plotRecover(A, B, C, plot.points=T)